水电资源

玛曲县占居黄河九曲之首曲，水能资源十分丰富，理论蕴藏量为151.7万千瓦，占全州水能总蕴藏量的42%，只开发了0.2%；黄河从青海省久治县门堂乡流入我县木西合乡境内，流程达433公里，占黄河在甘肃段总流程的59%。黄河流入我县境内时的水流量占黄河总流量的20%，出境时水流量增加到65%，黄河在玛曲段的补充水量占黄河总水流量的45%，年入境水量为137亿立方米，出境水量为164.1亿立方米，年产自表水27.1亿立方米。玛曲县境内黄河支流众多，主要的一级支流有28条，二级支流有300多条，湿地面积达562.5万亩。

药材资源

玛曲县有39科、100属、151种野生药用植物，其中分布面积广、数量多、药用价值及经济价值高的有冬虫夏草、水母雪莲、甘肃贝母、列香杜鹃、列吐羌活、唐古特大黄、多花黄芪、甘青乌麻花艽等20余种。

矿产资源

玛曲县已探明的有金、铁、铜、锡、钼、钨等金属矿和泥炭、大理石等非金属矿。